Java-Einstellungen sind davon ausgenommen, richtig. Hier liegt es an Knuddels Anpassungen vorzunehmen.
Was du allerdings machen kannst, ist im /m-Fenster die Schriftgröße etwas zu erhöhen. Dies sollte mittels /m sig möglich sein.

Alternativ kannst du aber die Auflösung deines Bildschirm niedriger setzen, sodass die Fenster wieder größer werden.