Die .desktop Datei sollte nach ~/.local/share/applications.
Alles andere macht keinen Sinn da die Knuddels App nicht funktioniert wenn sie in /usr installiert ist da sie sich selbst updated und im aktuellen Pfad schreibt.

Das beste wäre folgendes:

# ~ steht für $HOME
~/.local/bin/knuddels
Code:
#!/bin/sh
cd ~/.local/lib/knuddels
exec java  -client -jar kjupdate.jar



Code:
[Desktop Entry]
Name=Knuddels chat
Name[de]=Knuddels Chat
Exec=~/.local/bin/knuddels
Terminal=false
Type=Application
Icon=knuddels.png
Categories=Network;


Das Icon muss nun nach ~/.local/share/icons.
Alles andere muss in die erwähnten Pfade.
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Thaodan@Freenode