Die .desktop Datei sollte nach ~/.local/share/applications.
Alles andere macht keinen Sinn da die Knuddels App nicht funktioniert wenn sie in /usr installiert ist da sie sich selbst updated und im aktuellen Pfad schreibt.
Das beste wäre folgendes:
# ~ steht für $HOME
~/.local/bin/knuddels
#!/bin/sh
cd ~/.local/lib/knuddels
exec java -client -jar kjupdate.jar
[Desktop Entry]
Name=Knuddels chat
Name[de]=Knuddels Chat
Exec=~/.local/bin/knuddels
Terminal=false
Type=Application
Icon=knuddels.png
Categories=Network;
Das Icon muss nun nach ~/.local/share/icons.
Alles andere muss in die erwähnten Pfade.