Sorry das ich so lange brauchte, ich bin z.Z. etwas ist stress ^^
Also das Problem ist, dass die Zwischenablage nicht aktualisiert wird, wenn du etwas im knuddelsfenster kopierst? Versuch mal markieren und dann STRG+X (ausschneiden) ob das funktioniert. In den letzten Tagen ist ein Update für Sun-Java rein gekommen (U24) also schau mal ob du auf dem aktuellen Stand bist. Das von dir beschriebene Verhalten kenne ich so nur von Opera und dort ist es ein bekannter Fehler.
Scheinbar ist in der Version für Linux eine Sicherheitseinstellung angepasst worden, die das Nutzen der Zwischenablage Javaübergreifend verhindert.
Über das
policytool kann man die Datei "java.policy" laden und bearbeiten, dort
"CodeBase <ALL>" bearbeiten, dann "Berechtigung HINZUFÜGEN" und
AWTPermission -->
accessClipboardDanach das Jave (Browser) neu starten und es sollte wieder möglich sein.