Wirklich gut geschrieben und auch für Anfänger umsetzbar. Ich habe allerdings zwei Verbesserungsvorschläge.

Der Erste:
Die Datei für den Menüeintrag im Benutzerverzeichnis unter /home/BENUTZERNAME/.local/share/applications ablegen. Da ja auch die Java-App selber nur lokal hinterlegt ist, macht das mehr Sinn und zudem wird es so von jeder Distri erkannt. Ich selber nutze Linux Mint 19 und habe im Benutzerverzeichnis selber die Datei hinterlegt.

Der Zweite:
Eine kleine Anpassung der .desktop-Datei selber. Es macht keinen Sinn, das eine App ihre Daten wild im Benutzervereichnis streut, wenn alle Dateien in einem eigenen Verzeichnis liegen. Sorgt für Unordnung und ist Platzverschwendung (Auch wenn es bei den heutigen Plattengrößen eher marginal ist.) Von daher einfach noch die Variable "PATH" in die .desktop-Datei mit einfügen. Sehe an Hand deines Beispiels dann so aus (Die Änderung ist an der groß geschriebenen Variable zu erkennen):

Code:
[Desktop Entry]
Name=Knuddels
Name[de]=Knuddels
Comment=Chat with friends
Comment[de]=Chatte mit deinen Freunden
Exec=java -noverify -client -jar /home/NAME/Programme/Knuddels/kjupdate.jar
PATH=/home/NAME/Programme/Knuddels[
Terminal=false
Type=Application
Icon=/home/NAME/Programme/Knuddels/icon.png
StartupNotify=false
MimeType=application/x-java-archive;application/java-archive;application/x-jar;
Categories=Network;