Da es sich bei der eingebetteten Java-Version um eine VM handelt, um die Anwendung an sich zum Laufen zu bringen, kann es dir erstmal egal sein, welche Version genutzt wird. Du verwendest weiterhin deine installierte Java-Version im Browser und auch für alle anderen Anwendungen. Die Knuddels-Standalone-App greift auf deine eigentliche Java-Installation nicht zurück und dein Browser greift auf die VM für die App nicht zurück.
Knuddels liefert dir also eine Version, mit der der Chat funktionieren sollte.